（1）多重政策目標很難同時實現(xiàn)。目標價格改革旨在消除政府對市場的干預，逐步建立起市場價格形成機制，消除政策對市場價格形成的扭曲。

（2）統(tǒng)計口徑影響補貼金額。中央與地方統(tǒng)計口徑不一致，中央核定的產量與種植面積比實際情況偏低，市場價格獲取渠道導致采集到的市場價格偏高，最終使得農民獲得的補貼金額減少。

（3）財政負擔和行政負擔重。每年投入在目標價格上的財政補貼和生產者補貼仍然是一項重大的財政支出，中央財政負擔較重；由于中國農業(yè)規(guī)模小、種植戶多，地方行政負擔較重。

（4）“分品種施策”對當前調控體系的挑戰(zhàn)。“分品種施策”缺乏對不同品種糧食比價關系和農作物種植結構的統(tǒng)籌考慮，甚至會加劇農業(yè)生產結構的失衡。

（5）生產者面臨的風險與不確定性增加。目標價格與價補分離政策的實施，市場價格形成機制的逐步建立，增加了農業(yè)生產者面臨的風險與不確定性。